Фамилия Корнюхина образована от просторечной формы крестильного имени Корнелий. Латинское cornelius переводят как «рог», но в русской традиции это имя давали в честь святого Корнелия Сотника, римского воина, принявшего христианство. В народе имя быстро адаптировали: от полного Корнелий отсекли часть и добавили суффикс -юх-, характерный для уменьшительно-бытовых форм (сравните: Митрофан — Митрюха, Степан — Степюха). Так появилось мирское имя Корнюха, которое и стало основой фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Корнюхина буквально значит «дочь (или жена) Корнюхи». В русской ономастике такие фамилии на -ин чаще всего образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Модель простая: если предка звали Корнюха, то его потомки — Корнюхины.

Интересно, что основа Корнюх- встречается и в других фамилиях — Корнюхов, Корнюхин, Корнюховский. Но вариант Корнюхина закрепился именно в женской форме, хотя в официальных документах до XX века фамилии женщин часто записывали через мужскую: «крестьянка Корнюхина» — это указание на мужа или отца.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где имя Корнелий было особенно популярно среди крестьян. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются записи о Корнюхах в Тульской, Рязанской и Воронежской губерниях — там имя не воспринимали как редкое или книжное.

Никакого отношения к слову «корнюха» в значении «каравай» или «корень» фамилия не имеет — это случайное звуковое совпадение. Происхождение строго имяречное, через церковный календарь.