Фамилия Каршакова — женская форма фамилии Каршаков. В русской традиции такие фамилии образуются от мужской основы с помощью суффикса -ов и окончания -а. Основа здесь — Каршак, а само слово, скорее всего, имеет тюркские корни. В пользу этого говорит и характерное звучание, и то, что фамилии с корнем «карш-» чаще всего встречаются в Поволжье и на Урале, в зоне исторических контактов русских с татарами, башкирами и чувашами.

Самое правдоподобное объяснение — от тюркского прозвища или имени Каршак. В татарском языке «каршак» или «карша» может означать «противостоящий», «упрямый», «непокорный». Такое прозвище могли дать человеку с независимым, строптивым характером. Менее вероятна, но тоже возможна связь с чувашским «каршак» — «лоскут», «клок»; в этом случае прозвище могло относиться к бедняку, носившему рваную одежду, или, наоборот, к портному.

По модели образования фамилия типична для второй половины XVI–XVII веков, когда на Руси активно оформлялись родовые имена. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Каршаков буквально значит «сын Каршака» или «из рода Каршака». По сословному составу носители фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — например, казаками или стрельцами, которые часто перенимали тюркские прозвища.

Встречается и вариант с ударением на второй слог — Каршако́ва, что тоже допустимо в разговорной речи. Но исторически верным считается ударение на второй слог в мужской форме (Каршако́в), а в женской оно смещается на окончание (Каршакова́), хотя в современном обиходе чаще говорят Ка́ршакова.