Фамилия Касьянковы (и её мужская форма Касьянков) образована от уменьшительного имени Касьянко. В основе лежит крестильное имя Касьян — латинское Cassianus, производное от «cassus» («пустой», «бесплодный»). Имя попало на Русь вместе с христианством, но в народе закрепилось в просторечной форме Касьянко, от которой и пошла фамилия через стандартный патронимический суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Касьянков буквально значит «сын Касьянко».

Менее убедительная версия связывает фамилию не с именем, а с прозвищем Касьянко, образованным от глагола «косить». Сторонники этой гипотезы предполагают, что предок мог быть косарем. Однако против неё говорит широкое бытование самого имени Касьян в русских говорах — прозвищная версия выглядит натянутой, так как омонимия с именем здесь почти полная, а имя Касьян встречалось повсеместно.

Фамилия Касьянковы — типичный образец русской фамилии, сформировавшейся в среде, где полное церковное имя заменяли обиходным уменьшительным. Такие фамилии чаще всего складывались у крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках, когда фамилии на -ов становились массовыми. О точном месте возникновения говорить сложно: процесс шёл неравномерно, и Касьянковы могли появиться и на севере, и в центральных областях. Интересно, что фамилия сохранила старую форму имени с суффиксом -к-, который в современном русском языке уже не воспринимается как уменьшительный, но в XVI веке был живым и продуктивным.