Фамилия Кауткина — женская форма фамилии Кауткин. В основе её лежит мужское прозвище или нецерковное имя Каутка, а оно, скорее всего, происходит от диалектного глагола «каутить». В русских говорах это слово означало «шалить, проказничать, делать что-то не по правилам». Соответственно, Кауткой в старину могли прозвать озорника, непоседу или человека со своенравным, неуёмным характером. Модель образования проста и типична для русских фамилий: к основе на -а присоединяется патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Каутки» — Кауткин.

Есть и вторая, менее распространённая версия, которую стоит упомянуть. В некоторых северо-западных говорах (псковских, тверских) «каутка» — это уменьшительное от «каурый», то есть светло-каштановый, рыжеватый масти. В этом случае прозвище могли дать по цвету волос или бороды. Однако первая версия — от проказливого поведения — более правдоподобна хотя бы потому, что фамилия Кауткины встречается в документах XVII века, где её носители — крестьяне и посадские люди, а не скотоводы, у которых масть скота была бы в центре внимания.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Самые ранние упоминания Кауткиных — в переписных книгах Вологодского и Архангельского уездов. Там в конце XVII — начале XVIII века жили крестьяне и бобыли с этой фамилией. Встречается она и в Вятке, и в Пермской губернии, что подтверждает её севернорусское происхождение: суффикс -ка в основе — типичная черта северных говоров.

Особенность фамилии — её редкость. Она не входит в списки самых распространённых, и это делает её ценной для генеалогического поиска: найти своих Кауткиных по архивным записям проще, чем, скажем, Ивановых. Судя по сословной принадлежности предков, это были в основном государственные крестьяне, реже — мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже сужает круг поиска.