Фамилия Кайдачаков — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её географическая привязка, скорее всего, южно-сибирская или среднеазиатская, что сразу отсекает стандартные славянские модели. Если разбирать по частям, основа «Кайдач-» и тюркский суффикс принадлежности «-ак» или уменьшительный «-чак» указывают на прозвище или этноним, а окончание «-ов» — это уже русская русификация, характерная для фамилий народов Поволжья, Урала и Сибири, попавших в орбиту Российской империи.

Самый вероятный корень — тюркское слово «кайдак» или «кайтак», которое в ряде диалектов означало «дикий», «бродячий», «неосёдлый», а также могло быть названием тюркского племени или рода (например, кайтаки в Дагестане). В таком случае Кайдачаков — это «потомок Кайдака» или «выходец из рода кайдак». Форма с «-чак» (Кайдач-ак) могла быть уменьшительно-ласкательной: «маленький Кайдак» или «сын Кайдака». Встречается параллельная фамилия Кайдаков, что подтверждает вариативность.

Менее вероятна, но возможна связь с русским диалектным словом «кайдак» — так в некоторых говорах называли старую, потрёпанную одежду или бродягу. Тогда прозвище Кайдак мог получить неопрятный или оборванный человек, а Кайдачак — его сын или уменьшительная форма. Однако тюркская версия убедительнее, учитывая, что фамилия крайне редка в исконно русских регионах и чаще встречается у хакасов, алтайцев или сибирских татар.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, так как в дворянских родословных книгах Кайдачаковы не фиксируются. В советское время фамилия могла закрепиться в результате паспортизации, когда тюркские родовые имена переоформляли под русский стандарт с окончанием «-ов». Сегодня Кайдачаковы встречаются единично, в основном в Хакасии, Красноярском крае и Кемеровской области.