Фамилия Кайдараков — редкая и сложная для однозначного толкования. Её основа «Кайдарак» почти наверняка восходит к тюркскому слову «кайдар» (или «кайдыр»), которое в разных тюркских языках имеет несколько значений. Наиболее вероятное — «упрямый», «непокорный», «своенравный». В казахском и киргизском языках «кайсар» или «кайдар» означает именно такой характер. Прозвище Кайдарак могли дать человеку с крутым нравом, которого трудно переубедить или сломить. Менее распространённая версия связывает основу с названием реки Кайдар в Забайкалье или с географическим термином «кайдар» (каменистая осыпь), но для фамилии, образованной от личного прозвища, это менее типично.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от тюркских основ. Первоначально это было отчество: «чей?» — Кайдараков, то есть сын Кайдарака. Форма «Кайдарак» — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательный или уничижительный вариант от «Кайдар», что характерно для тюркской антропонимии: к основе добавляли аффикс -ак/-ек, придававший оттенок «маленький», «младший» или «сын такого-то».

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом: Поволжье, Урал, Западная Сибирь, а также к казачьим областям. Встречается у русских, татар, башкир и представителей других народов, исторически контактировавших с тюрками. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в Оренбургской и Уфимской губерниях, а также в областях Сибирского казачьего войска.

С социальной точки зрения, носители фамилии Кайдараков чаще всего были государственными или ясачными крестьянами, реже — казаками. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» не числится. Это фамилия народная, прозвищная, возникшая в среде, где личные качества человека ценились выше его сословного происхождения.