Фамилия Кайнулдин — редкая и звучит непривычно для русского уха, хотя образована по самой что ни на есть стандартной русской модели. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кайнулдин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Кайнулда. Вопрос упирается в то, что стоит в основе.

Корень здесь явно тюркский или арабо-тюркский. Самая вероятная версия — что это сложное имя, состоящее из двух частей. Первая часть «Кай» восходит к тюркскому «кай» (скала, утес) или к глаголу «кайна» (кипеть, бурлить, волноваться). Вторая часть — «улда» — почти наверняка искаженное «улла» или «алла» (Бог). В тюркских языках распространены имена с компонентом «Алла» (Гайнулла, Хайрулла), и «Кайнулла» могло означать «Божья скала» или, если брать глагольную основу, «кипящий (ревностный) верой в Бога». Фонетически «Кайнулла» легко превращается в «Кайнулда»: звонкое «д» на конце — типичное явление в русских говорах при адаптации иноязычных имен.

Менее вероятная, но возможная версия — что перед нами прозвище от тюркского «кайын» (береза). В таком случае «Кайнулда» могло быть прозвищем человека, жившего у березовой рощи. Однако суффикс -ин и окончание -дин указывают на модель отчества, а не на топонимическое прозвище, поэтому версия с личным именем Кайнулла (Кайнулда) выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия должна быть привязана к регионам, где русские крестьяне или служилые люди контактировали с тюркским населением: Поволжье, Урал, юг Сибири. В метрических книгах XIX века такая фамилия могла встречаться у крещеных татар, башкир или у русских, взявших в основу фамилии имя крестного или соседа-инородца. Сословно — почти наверняка крестьянское или мещанское происхождение, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

У фамилии есть любопытная особенность: она избежала типичной русификации в «Кайнулов» или «Кайнуллин». Сохранение суффикса -дин вместо -ов или -ин (как в Кайнуллин) — редкий случай, когда тюркская основа не подогналась под доминирующую модель, а застыла в виде, близком к исходному имени. Это делает её ценным маркером для историков, изучающих адаптацию инородческих имен в русской среде.