Фамилия Каймулдин — редкая и географически привязанная. Её основа почти наверняка восходит к тюркскому мужскому имени Каймулда. В этом имени легко угадывается составная конструкция: «кай» (в тюркских языках может означать «скала», «утес» или выступать как усилительная частица) и «мулла» (духовное звание, учёный-богослов у мусульман). Таким образом, Каймулда — это, скорее всего, «крепкий (как скала) мулла» или «главный мулла». Имя давали в семьях, где хотели подчеркнуть религиозность или уважение к духовному сану.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Каймулд- добавлен суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?»). Буква «д» в середине появилась как результат адаптации тюркского звучания к русской фонетике (вставной согласный для удобства произношения). Следовательно, Каймулдин буквально означает «сын (или потомок) Каймулды».

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием тюркских народов в смешении с русским населением — в первую очередь к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану. Встречается она нечасто, что указывает на локальное происхождение от одного или нескольких родов. Носители фамилии — скорее всего, потомки служилых татар, башкир или казахов, которые в XVIII–XIX веках получали фамилии по имени отца при переписях или переходе в оседлость.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -ов и -ев, суффикс -ин здесь прямо указывает на древнерусскую форму притяжательного прилагательного. Это говорит о том, что фамилия могла оформиться раньше, чем массовые переписи XIX века, или в среде, где русское влияние было сильным и ранним. Если бы фамилия возникла в чисто тюркской среде, она скорее получила бы окончание -улы или -оглы.

Других версий происхождения, например от прозвища или профессии, не связанных с личным именем, для этой фамилии не существует — основа слишком прозрачна и устойчива в тюркской антропонимии.