Фамилия Казлинер — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Сразу видно, что это не типичная русская фамилия с суффиксами -ов, -ин или -ский. По модели образования Казлинер напоминает фамилии ашкеназских евреев, которые нередко заканчиваются на -ер. В этом случае суффикс -ер (или -нер) в немецком и идише часто указывает на профессию или принадлежность к месту.

Скорее всего, основа «Казлин» — это топоним. Наиболее вероятная версия: фамилия образована от названия местечка Козлин (Казлин) на территории современной Польши или Украины. В таком случае Казлинер — «тот, кто родом из Козлина». Вариант «Казлинер» вместо «Козлинер» мог возникнуть из-за особенностей произношения в идише или при записи фамилии в документах (аканье, замена «о» на «а»). Подобные фамилии по географическому признаку — одни из самых распространённых у восточноевропейских евреев.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем или прозвищем. В идише есть слово «казл» (козёл), но маловероятно, что фамилию дали по этому животному: обычно такие прозвища были более конкретными или ироничными. Если же отталкиваться от профессии, то суффикс -ер мог указывать на ремесленника, но основа «казлин» не даёт очевидного занятия.

Таким образом, с большой долей уверенности можно говорить, что предки носителя фамилии Казлинер происходили из местечка с похожим названием, а саму фамилию им дали по месту жительства. Встречается она в основном в среде потомков еврейских переселенцев, и её написание могло варьироваться в зависимости от языка документов (польский, немецкий, русский).