Фамилия Козлинер — редкий пример, где еврейская модель фамилии на -ер (указывающая на человека по месту жительства, ремеслу или характерному признаку) соединяется со славянским корнем «козел». В отличие от распространённых русских фамилий вроде Козлов или Козловский, суффикс -инер (вариант -нер) типичен для фамилий еврейского происхождения из Восточной Европы, особенно на территориях бывшей Речи Посполитой и Российской империи: он указывает на принадлежность к определённому месту или занятию.

Скорее всего, основатель фамилии Козлинер был жителем одного из многочисленных топонимов с корнем «козел». Таких названий очень много в России, на Украине и в Белоруссии — от города Козельск в Калужской области до посёлка Козлово в Ленинградской области. Фамилия образована по той же логике, что и Варшавер (из Варшавы) или Лейпцигер (из Лейпцига): человек, переехавший из места с корнем «козел», получал прозвание Козлинер — «тот, кто из Козельска» (или из другого похожего селения).

При этом стоит отметить, что в еврейской ономастике встречаются и фамилии с искусственным, «книжным» значением, где корень «козел» мог быть связан с библейской символикой. Выражение «козел отпущения» стало обозначать «Христос, нагруженный грехами мира» — и некоторые фамилии, образованные от названий животных, несли отсылку к этому образу. Однако для Козлинер такой вариант менее вероятен: суффикс -ер прямо привязывает фамилию к географическому объекту, а не к абстрактному символу.

В среде ашкеназских евреев были распространены фамилии-метафоры, образованные от немецких слов: Вейценбаум (пшеничное дерево), Зауэрштром (кислый поток), Левенфиш (рыба-лев), Цигенбаум (козье дерево), Квечман (высказываться неохотно). Но Козлинер стоит в этом ряду особняком: его основа — не немецкая, а славянская, а суффикс — типично еврейский. Такое смешение указывает на то, что фамилия возникла в регионе, где еврейское население говорило на идише, но активно контактировало со славянскими языками и топонимикой. Скорее всего, предок носителя фамилии жил в местечке или городе, название которого было связано с козлами, — и при переезде или записи в официальные документы получил фамилию, которая прямо отвечала на вопрос «откуда он».