Фамилия Козлин — редкий случай, когда на слуху кажется, что всё ясно (козёл, козлик), но на деле форма заставляет задуматься. Большинство похожих фамилий оканчиваются на -ов (Козлов) или -ин (Козин). А тут суффикс -ин, но основа не «Козл», а «Козл» плюс -ин — то есть Козлин. Это не опечатка и не вариант Козлова.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная не напрямую от животного, а от прозвища или имени Козла. В старину Козлом могли назвать человека с упрямым характером, с окладистой бородкой или, наоборот, бойкого и драчливого. Но суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Козлин. Значит, родоначальник был человеком по прозвищу Козла. Такая модель (прозвище на -а + -ин) встречается реже, чем стандартная, и часто указывает на конкретного, возможно, не самого знатного, но приметного предка.

Версия о происхождении от названия деревни или речки Козла маловероятна: топонимы обычно дают фамилии на -ский (Козловский). Но если в говорах бытовало слово «козла» в значении «козёл» или «козлиная шкура», то прозвище могло закрепиться за торговцем или пастухом.

Есть и другая, более тонкая версия. В некоторых русских говорах (особенно северных и сибирских) «козля» или «козла» — это не ругательство, а ласкательное или уменьшительное имя для ребёнка, примерно как «козлёночек». В таком случае фамилия Козлин могла быть не прозвищной, а «домашней» — от внутрисемейного имени младшего сына или любимца. Это объясняет, почему суффикс -ин, а не -ов: он естественнее для личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а.

Географически фамилия редкая, встречается разрозненно, без явного гнезда. Это дополнительно говорит в пользу прозвищного, а не сословного или географического происхождения. Предки Козлиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу своего предка — Козлы.