Фамилия Козлинеев — редкая и морфологически примечательная. Её основа — «козлин-», а суффикс «-еев» сразу выдаёт нетипичную модель. Подавляющее большинство русских фамилий на «-ев» образованы от основ на мягкий согласный или «й» (Иванов — от Иван, но Андреев — от Андрей). Здесь же мы видим «-еев» после твёрдого «н», что встречается гораздо реже и указывает на вариант написания, закрепившийся в документах. Скорее всего, исходная форма фамилии была Козлинов или Козлинин, а «-еев» — результат искажения при записи или диалектного произношения, когда безударный гласный в суффиксе «-ов» переосмыслили как «-ев».

Корень фамилии — «козёл». Но не спешите думать, что предка обязательно дразнили за упрямство или бороду. Прозвище Козёл в старину было многозначным. Им могли назвать бойкого, драчливого человека (сравните: «козёл драный»), либо того, кто пас коз. В северных и центральных говорах «козёл» означало ещё и особый вид подставки, козлы — плотницкий станок. Мастер, работавший на таких козлах, мог получить уличное прозвище Козёл, перешедшее потом в фамилию.

Суффикс «-ине-» в основе — указание на принадлежность. В древнерусском языке притяжательные прилагательные отвечали на вопрос «чей?»: «козлин» значило «принадлежащий Козлу». Сын такого человека становился «Козлиным сыном», а со временем — Козлинеев (с наращением «-еев»). Таким образом, фамилия означает «потомок человека по прозвищу Козёл».

Эта фамилия почти не встречается за пределами России и, судя по архивным данным, больше всего распространена в Поволжье — в Ульяновской, Самарской и Саратовской областях. Там же фиксируются варианты Козлинев и Козлинов, что подтверждает гипотезу о неустойчивости суффикса в письменных источниках XIX века. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или мещанской: фамилия не дворянская, не искусственная (семинарская) и не книжная, а чисто бытовая, возникшая в среде, где прозвища передавались по наследству.