Фамилия Козлинеева — редкий случай, когда основа угадывается сразу, но механизм её превращения в фамилию неочевиден. Козёл — животное, которое в русской традиции давало прозвища не столько по внешности (хотя и по ней тоже), сколько по поведению: упрямство, драчливость, блудливость. Однако суффикс -инеев вместо привычного -ев или -ин намекает на то, что перед нами не прямое прозвище «Козёл», а его производная форма.

Словообразовательная цепочка выглядит так: сначала было прозвище Козлиня (или Козлиня) — уменьшительное от «козёл», возможно, данное невысокому, вертлявому или молодому человеку. От него образовалось отчество Козлинеев — «сын Козлинея», а затем и фамилия. Суффикс -еев здесь — вариант более распространённого -ев, закрепившийся в произношении: в безударной позиции «и» и «е» смешивались. То есть Козлинеевы — это потомки человека по прозвищу Козлиня. Такая модель встречается реже, чем стандартные Козловы или Козликовы, что делает фамилию локально узнаваемой.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где форма «козлиня» (козлёнок) была в ходу. В переписных книгах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались среди крестьян и однодворцев — в среде, где скотина была мерой достатка и частью быта, а прозвища по животным давали без обиды. В отличие от фамилии Козлов, которая могла принадлежать и боярскому роду (от неканонического имени Козёл), Козлинеевы почти наверняка вышли из простонародья: суффикс -инеев выдает «низовое» происхождение, далёкое от книжной нормы.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются связать основу с диалектным «козлина» — козья шкура или мясо, но это маловероятно: прозвище по продукту давали бы Козлинину, а не Козлинею. Ещё реже вспоминают тюркское «коз» (глаз) с натяжкой — но русский суффикс -инеев не оставляет сомнений в славянской природе. Так что правдоподобнее всего: предок носителя фамилии был либо козопасом, либо просто получил прозвище за сходство с козлом — упрямством или подвижностью.