Фамилия Казупеев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Она явно образована с помощью патронимического суффикса -ев, который в русской традиции присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или -й. Значит, в основе лежит прозвище или имя Казупей.

Самая правдоподобная версия ведёт к тюркским корням, что типично для южнорусских и казачьих фамилий. В тюркских языках есть корень «казы» (или «казу»), означающий «гусь» или, в некоторых диалектах, «утка». Суффикс -пей мог быть частью сложного прозвища (например, «казы-бей» — «гусиный князь», хотя это спорно) или результатом адаптации тюркского слова «козу» (ягнёнок) через добавление русского суффикса. В этом случае Казупей — человек, чем-то напомнивший окружающим ягнёнка или птицу: либо внешностью (светлый, пушистый), либо повадками (крикливый, суетливый).

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «казупить» — дразнить, передразнивать, который фиксируется в псковских и тверских говорах. Если так, то Казупей — прозвище насмешника или кривляки. Однако эта версия слабее: в письменных источниках фамилия чаще встречается в районах бывшего Дикого поля (Воронежская, Ростовская области), где тюркское влияние было сильнее.

Суффикс -ев указывает, что родоначальник — человек по имени или прозвищу Казупей, а его потомки стали Казупеевыми. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или казачья. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о её локальном распространении — возможно, она возникла в одном-двух селениях и не разошлась широко.

Таким образом, предок нынешних Казупеевых мог быть либо казаком, получившим прозвище за сходство с ягнёнком или гусём, либо жителем южной окраины России, чьё тюркское прозвище обрусело через суффикс.