Фамилия Козупеев — один из тех случаев, когда на слух она кажется простой, а при разборе ставит в тупик. Первое, что бросается в глаза: корень «коз-» и суффикс «-еев». В русских фамилиях суффикс «-еев» встречается реже, чем «-ов» или «-ев», и обычно указывает на основу, оканчивающуюся на сочетание «ей» или «ея». Но здесь основа — не имя и не профессия, а прозвище.

Самая вероятная версия: в основе лежит прозвище Козупе́й. Что оно могло значить? Разложим слово: «коза» + «петь». В народной речи «козупеем» могли называть человека с высоким, тонким или «козлиным» голосом, который фальшивил или пел неестественно. Вторая, более прозаичная гипотеза: прозвище дали пастуху, который пас коз, или тому, кто торговал козьим молоком и мясом, но тогда логичнее было бы ожидать форму «Козарь» или «Козовод». Слово «петь» в сочетании с «козой» — это именно характеристика звука, а не рода занятий.

Суффикс «-ей» в прозвище — редкий, но не уникальный для северных и южнорусских говоров. Сравните с фамилиями Козуля, Козулин (от «козуля» — косуля) или Козорез. Однако Козупеев стоит особняком: ни в словаре Б. Унбегауна, ни в работах В. Никонова эта фамилия не упоминается, что говорит о её крайней редкости и локальном бытовании.

Скорее всего, фамилия сформировалась в XIX веке в среде крестьян или однодворцев юга России (Курская, Воронежская области). Прозвище Козупей дали за манеру пения: либо нарочито громкую и сбивчивую, либо, наоборот, смешную и писклявую. В документах фамилия могла записываться как Козупеев, Козупеевъ, а изредка — с ошибкой Козупеев (с одним «е»). Других версий, кроме прозвищной, нет: ни тюркских, ни финно-угорских корней здесь не прослеживается.

Таким образом, предок носителя фамилии Козупеев — человек, которого в деревне запомнили по голосу. Не пастух и не козопас, а скорее деревенский запевала или просто говорун с характерным тембром.