Фамилия Кекин — одна из тех, что образована от личного прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит прозвище Кека, которое восходит к диалектному глаголу «кекать». Во владимирских говорах это слово означало «икать, невольно вскрикнуть». Прозвище могли дать человеку пугливому, который часто волновался и оттого икал. Однако у того же глагола есть и другие, более жёсткие значения: «пропасть, погибнуть, сгинуть» и «сильно ударить». Поэтому Кекой могли назвать либо того, кого считали пропавшим без вести, либо, наоборот, человека вспыльчивого и буйного.

Модель образования фамилии проста и типична для русского севера и центра: суффикс -ин присоединялся к основе на -а, -я, указывая на принадлежность: «чей сын?» — Кекин. Такая модель особенно распространена в новгородских, ярославских и ростовских землях.

Самый известный след фамилии — купеческий род Кекиных, который упоминается в дозорных и переписных книгах Ростова Великого уже в 1615 году. Эти купцы не стремились к царской службе, а сосредоточились на торговле. Они вели дела с кочевавшими по уральской линии киргиз-кайсаками — так тогда называли казахов. Начал это «азиатское торговое дело» Дмитрий Гаврилович Кекин. Он оставил наследникам 90 тысяч рублей и новый дом, построенный в 1680–1690 годах. Его сын Григорий стал уже первым ростовским богачом. Именно эта ветвь и закрепила фамилию в истории, хотя сам прозвищный корень, скорее всего, старше и бытовал в крестьянской среде задолго до купеческих капиталов.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным, и однофамильцы могли появиться независимо в разных уездах. Но в случае с Кекиными мы видим редкое сочетание — прозвище из народного говора и яркая документальная история конкретного рода, поднявшегося с ним до вершин богатства.