Фамилия Кениспаев — редкий пример тюркско-русского гибрида, где казахское личное имя соединилось с русским патронимическим суффиксом. Основа фамилии — мужское имя Кениспай, которое в свою очередь состоит из двух частей: «кенес» (совет, согласие, а в старой традиции — ещё и собрание старейшин) и «бай» (богатый, хозяин, господин). Таким образом, имя Кениспай можно перевести как «богатый советом» или «владеющий советом» — типичное для кочевой аристократии пожелательное имя, которое давали мальчику в надежде, что он станет уважаемым аксакалом, к чьему слову прислушиваются.

Суффикс -ев указывает на то, что фамилию оформляли уже в русской канцелярской традиции. В казахской среде патроним образовывался бы иначе: Кениспайулы (сын Кениспая). Но при записи в метрические книги или при переписях в XIX — начале XX века русские чиновники добавляли стандартное окончание -ев, превращая отчество в фамилию. Это характерно для многих казахских фамилий, которые закрепились именно в такой «обрусевшей» форме.

Географически фамилия Кениспаев почти наверняка привязана к западному или северному Казахстану, а также к приграничным с ним районам Оренбургской, Астраханской или Саратовской областей. Именно там в XIX веке активно шёл процесс оседлости казахов и их интеграции в сословную систему Российской империи, что требовало фиксации фамилий. В самой казахской степи до советской власти фамилий в привычном понимании не было, поэтому Кениспаевы — это потомки конкретного человека по имени Кениспай, который, скорее всего, жил в эпоху, когда фамилии только начинали присваивать.

Других версий происхождения, кроме как от тюркского имени, у этой фамилии нет. Славянского или иного корня в ней не обнаруживается — приставка «кен-» в русских фамилиях не встречается, а сочетание «сп» в середине нетипично для русской фонетики. Так что человек с фамилией Кениспаев почти наверняка имеет казахские корни, а его предок носил имя, символизировавшее мудрость и уважение в общине.