Фамилия Кеняйкина хранит память о прозвище дальнего предка. Её основа — именование Кеняйка, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Кеняйки». Такая модель типична для русских фамилий, но сама основа выдает иное, финно-угорское происхождение. Фамилия встречается преимущественно в европейской части России и в Прибалтике — на территории расселения финно-угорских народов.

Значение прозвища Кеняйка спорно, но есть две основные версии. Первая связывает его с мордовским словом «кине» — «сурепка», травянистое растение с темно-зелеными листьями и желтыми цветками. В народной традиции, давая ребенку такое имя, родители хотели, чтобы природа воспринимала его как своего, чтобы к нему перешли полезные качества растения. Вторая версия выводит Кеняйку из финно-угорского слова kinnas — «рукавица». Оба варианта правдоподобны, но первый (растительный) выглядит чуть убедительнее: прозвища по растениям встречаются в крестьянской среде чаще, чем по предметам одежды.

Исторические документы подтверждают бытование фамилии именно в мордовской среде. Известны носители: Кеняйкин Дмитрий Матвеевич (1891 год, Мордовия), Кеняйкин Иван Дмитриевич (1910 год, Мордовия), Кеняйкин Михаил Васильевич (1904 год, Томская губерния; указан как мордвин), Кеняйкин Петр Васильевич (1888 год, поселок Ужалейка; мордвин; работал ветфельдшером). Эти записи показывают, что фамилия была распространена среди мордвы, а в начале XX века носители уже переселялись за Урал.