Фамилия Кеняйкин — один из тех редких случаев, когда географическая привязка оказывается важнее морфологии. Её ареал — преимущественно европейская часть России и Прибалтика, то есть земли, где исторически расселялись финно-угорские народы. В основе фамилии лежит именование Кеняйка, которое, скорее всего, восходит к мордовскому слову «кине» — «сурепка», травянистое растение с тёмно-зелёными листьями и жёлтыми цветками. В дохристианской традиции такое имя давали ребёнку, чтобы природа приняла его как своего и передала полезные качества растения.

Нельзя исключать и другую версию: именование Киняйка могло произойти от финно-угорского слова kinnas — «рукавица». В таком случае прозвище мог получить человек, который шил или продавал рукавицы. Обе гипотезы укладываются в финно-угорский контекст, но первая выглядит правдоподобнее: она объясняет не только звучание, но и типичную для мордовской среды «растительную» символику имён.

Исходная форма — Кеняйка — образована с помощью продуктивного в финно-угорских языках суффикса -й-, который часто встречается в личных именах. Русский патронимический суффикс -ин добавили уже при русификации: Кеняйкин буквально означает «сын Кеняйки».

Документы подтверждают мордовское происхождение носителей. В 1891 году в Мордовии жил Кеняйкин Дмитрий Матвеевич, чуть позже — Иван Дмитриевич (1910). Любопытна запись о Михаиле Васильевиче Кеняйкине (1904, Томская губерния): он указан как мордвин, что говорит о миграции мордвы в Сибирь. А Пётр Васильевич Кеняйкин (1888, посёлок Ужалейка) числился ветфельдшером — редкая деталь, показывающая, что к началу XX века фамилия уже не была исключительно крестьянской, а встречалась у людей с профессиональным образованием.