Фамилия Кшняйкин — редкий пример того, как географический диалект и профессиональное прозвище сплелись в одной словообразовательной модели. Её основа — «кшняйк» — почти наверняка восходит к слову «кшня», которое в ряде южнорусских говоров (особенно рязанских и тамбовских) означало «кнут», «плеть» или, шире, «ременный хлыст». Человек, которого в округе называли Кшняем или Кшняйкой, мог быть пастухом, погонщиком скота или возчиком — короче, тем, кто постоянно орудовал кнутом. Суффикс -к- в прозвище (Кшняйка) типичен для уменьшительно-бытовых форм, а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Кшняйки».

Версия с тюркским корнем (например, от тюркского «кыш» — зима, или «кшн» в значении «человек») выглядит натянутой: в фамилии нет типичных тюркских аффиксов, а звуковой облик «Кшняйкин» идеально вписывается в восточнославянскую диалектную фонетику, где группы согласных в начале слова не редкость (ср. «кшень» — мелкий, хилый в псковских говорах). Ареал фамилии — преимущественно средняя полоса России, с заметным пятном в Мордовии и соседних областях, что подтверждает её русское, а не финно-угорское происхождение: мордва часто носила русские фамилии, полученные от соседей-русских.

Любопытная деталь: в документах XVII–XVIII веков встречаются прозвища «Кшня» и «Кшеня» — оба означали примерно одно и то же, но форма «Кшняйка» (с суффиксом -айк-) закрепилась именно в рязанско-тамбовском регионе. По сути, Кшняйкины — потомки того самого пастуха или ямщика, чей кнут был главным орудием труда. Фамилия не дворянская, не купеческая — типичная крестьянская или однодворческая, что подтверждается переписями XIX века, где Кшняйкины записаны в государственных крестьянах. Сегодня она остаётся малочисленной, но очень характерной: по ней можно безошибочно определить, что предки жили в зоне южновеликорусского наречия.