Фамилия Кишняйкина — женская форма от Кишняйкин, и её разбор стоит начать с неочевидного на первый взгляд корня. Основа «кишн-» или «кишняй-» в русских говорах связана с глаголом «кишеть» — то есть изобиловать, копошиться, быть наполненным движением. В диалектах слово «кишня» означало толпу, скопление народа, суету, а иногда и муравьиную кучу. Прозвище Кишняй могли дать человеку непоседливому, суетливому или тому, кто жил в многолюдном месте, либо, иронично, тому, кто постоянно «кишел» в делах и хлопотах.

Суффикс -ай- в основе — характерный для северо-западных и поволжских говоров: так образовывали прозвища от глагольных корней (ср. «кривляй», «ломяй»). Фамилия с таким суффиксом встречается редко, что сразу отличает её от массовых «Ивановых» и «Петровых». Модель образования типична для русских фамилий на -ин: от прозвища на -ай (Кишняй) через притяжательное прилагательное «Кишняйкин сын» к фамилии.

Географически фамилия Кишняйкины тяготеет к центральным и восточным областям России. Встречается преимущественно в Пензенской, Ульяновской и Самарской губерниях — это регионы, где были сильны мордовские и татарские влияния, но сама основа чисто русская, диалектная. В переписях XIX века Кишняйкины числились в основном среди государственных крестьян, то есть лично свободных, но приписанных к казне.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых метрических книгах можно найти «Кишняйкин» и «Кишнякин» (с одним «й»), что связано с нестабильной передачей йота в письме. Современная форма с «й» точнее отражает произношение и происхождение от прозвища.

Никакой связи с тюркскими или финно-угорскими корнями здесь нет, хотя по звучанию фамилию иногда ошибочно принимают за нерусскую. На деле это редкий образец живой великорусской диалектной лексики, застывшей в фамилии.