Фамилия Киняйкин — характерный пример того, как русский суффикс принадлежности (-ин) «прирастает» к иноязычной основе. Её ядро — мордовское (эрзянское) имя Киняйка. Такие имена на -айка (Киняйка, Кечайка, Кирдяйка) часто встречались в дохристианской мордовской среде и выполняли роль личных имён, а со временем стали фамилиями.

Смысл имени Киняйка спорен, но самая обоснованная версия ведёт к эрзянскому слову «кине» — «сурепка» (травянистое растение). «Растительные» имена у мордвы не редкость: они могли даваться как обереги или по народному календарю. Встречается также гипотеза, что Киняйка переводится как «кукушка», но лингвистического подтверждения у неё нет — в эрзянском языке «кукушка» звучит иначе («куко»), и словообразовательная модель не совпадает.

Сам суффикс -айка в основе типичен для мордовских имён: он мог указывать на уменьшительность или принадлежность к роду. При переходе в русскую фамилию этот суффикс сохранился, а к нему добавился русский патронимический суффикс -ин (как в фамилиях Ильин, Пушкин). Итоговая форма Киняйкин буквально значит «сын (или потомок) Киняйки».

Географически фамилия привязана к регионам расселения эрзи и мокши — в первую очередь, к современным Мордовии, Нижегородской, Пензенской, Ульяновской областям. Однако архивные записи показывают, что к концу XIX века носители фамилии уже жили далеко за пределами исконных земель. Например, в архивах УВД Томской области зафиксированы Киняйкин Ксенофонд Сергеевич (1881 г. р.) и его сын Киняйкин Митрофан Ксенофонтович (1897 г. р.) — оба проживали в Алтайском крае. Это типичная картина для крестьянской миграции времён Столыпинской реформы: мордовские семьи переселялись в Сибирь и на Алтай за землёй.

Таким образом, фамилия Киняйкин — не случайный набор звуков, а прямой маркер этнического происхождения: предки носителя этой фамилии были мордвой (эрзянами) и носили личное имя Киняйка, которое, скорее всего, было связано с растением сурепкой.