Фамилия Киняйкин образована от мордовского имени Киняйка. Скорее всего, оно происходит от эрзянского слова «кине» - «сурепка». Подобные «растительные» имена нередко встречались у мордвы. Существует также гипотеза, что имя Киняйка переводится как «кукушка», однако она не подтверждена. Таким образом, человек, предка которого звали Киняйка, со временем получил фамилию Киняйкин. Так, в архивах УВД Томской области записаны Киняйкин Ксенофонд Сергеевич, который родился в 1881 году и проживал в Алтайском крае, и Киняйкин Митрофан Ксенофонтович, рожденный в 1897 году и живший там же.