Фамилия Кшникин — редкая и по звучанию необычная. Её основа, «Кшник», не встречается ни в современных словарях русских фамилий, ни в древних актах, что сразу указывает на её локальное или прозвищное происхождение.

Словообразовательная модель типична: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Кшника). Сложность в корне. «Кшник» могло быть прозвищем, образованным от диалектного слова. В русских говорах есть глагол «кшиться» — означающий «суетиться, хлопотать, возиться». Кшником могли назвать беспокойного, хлопотливого человека, который вечно чем-то занят. Это правдоподобная версия, так как прозвища по характеру деятельности или поведению — один из главных источников русских фамилий.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «кыш» или «кыш» — «зима». Тогда «Кшник» могло означать «зимний», «рождённый зимой», но для русского уха такое прозвище звучит искусственно, а фамилия с подобной основой — единична. Кроме того, в русском языке слово «кшник» могло быть искажением другого прозвища, например, «Книжник» (человек, связанный с книгами) — в устной речи «книжник» легко превращалось в «кшник» через выпадение звуков.

Географически фамилия почти не встречается за пределами нескольких регионов. Её носители, вероятно, происходят из одной небольшой местности, где прозвище «Кшник» было в ходу. Из-за редкости фамилия не попала в дворянские родословные книги и не фиксировалась в массовых переписях. Скорее всего, предки Кшникиных — крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по уличному прозвищу после отмены крепостного права.