Фамилия Кергильхот резко выбивается из ряда привычных русских фамилий. Её основа не имеет славянских корней, а суффикс отсутствует в типичной для России словообразовательной модели. Это практически наверняка фамилия искусственная, возникшая в среде духовенства. В XVIII–XIX веках семинаристам, поступавшим в духовные училища, часто меняли фамилии на более благозвучные, книжные, образованные от греческих, латинских или церковнославянских слов. Ученикам с «простыми» фамилиями вроде Иванов или Попов давали новые, звучные и мудрёные, чтобы выделить их из крестьянской среды.

Скорее всего, Кергильхот — это сложносоставная фамилия из двух греческих элементов. Первая часть, «кер-», может восходить к греческому «κῆρ» (кер) — «сердце», либо к «κύριος» (кюриос) — «господин». Вторая часть, «-гильхот», с большой вероятностью является искажением греческого «ἐκκλησία» (экклесия) — «церковь» или «ἐκλεκτός» (эклектос) — «избранный». Получается, фамилия могла означать «господин церкви» или «избранный сердцем». Подобные конструкции типичны для семинарского творчества: брали два греческих слова, соединяли их в одно, нередко с ошибками в переписывании и адаптации к русскому произношению.

В пользу этой версии говорит и окончание «-от». В фамилиях, образованных от греческих слов, часто встречается суффикс «-от» (сравните с фамилией Каллистратов, где основа «каллистрат»), который в русском языке не имеет значения, а служит лишь для русификации. Таким образом, Кергильхот — это не прозвище по профессии или месту жительства, а книжная конструкция, придуманная для будущего священника.

География фамилии крайне скудна. Она практически не встречается в современных базах данных и исторических документах. Это говорит о том, что носителей было мало и фамилия могла быстро исчезнуть или сохраниться в единичных семьях, возможно, на севере России или в Сибири, куда ссылали выпускников духовных семинарий. Скорее всего, предки человека с такой фамилией были священнослужителями, получившими её при поступлении в семинарию, а сама фамилия — редкий памятник церковного ономастикона XVIII–XIX веков.