Фамилия Керницкая — женская форма от Керницкий, и в её основе лежит прозвище Керний. Самая надёжная версия выводит его из украинского «керница» — колодец, источник. В таком случае человек по прозвищу Керний мог быть копателем или рудокопом, тем, кто бил ключи и рыл колодцы. Это «профессиональное» прозвище, каких много в украинской и южнорусской ономастике: человек получал имя по делу, которым кормился.

Менее убедительна версия, связывающая Керния с английским «kern» — легковооружённый пехотинец, а также «мужик» или «песчинка». Слабость этой гипотезы в том, что английское слово вряд ли могло стать прямым источником прозвища в славянской среде. Скорее всего, случайное звуковое совпадение: если бы основа была заимствованной, фамилия бытовала бы в иных регионах и с другой морфологией.

Суффикс -ицк-/-цк- в фамилии Керницкая указывает на географическую модель образования: такие фамилии часто возникали от названия населённого пункта. В польских и западноукраинских землях есть топонимы вроде Керница или Кернично. В этом случае Керницкие — потомки тех, кто жил в таком месте или владел им. Обе версии не противоречат друг другу: прозвище Керний и топоним Керница могли существовать параллельно, подпитывая одно другое.

Сама фамилия встречается в западных областях Украины и среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. Встречается и вариант Керницкий, но Керницкая — это форма, закрепившаяся за женщинами в роду.