Фамилия Кецкин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, стоит начать с суффикса. Окончание -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Кецкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кецка. Такая форма типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены (сравните: Пушкин, Ильин). Сама основа — Кецк(а) — это, скорее всего, уменьшительно-пренебрежительное или просторечное прозвище.

Корень «кец» не имеет очевидных славянских параллелей в значении «человек». Вероятнее всего, это усечённая или искажённая форма другого имени или слова. Например, от канонического имени Ксенофонт (в народе его могли переделывать в Ксен, Кец) или от редкого имени Кесарий. В просторечии такие имена нередко «съёживались» до двух-трёх слогов, а затем обрастали уменьшительными суффиксами -к-.

Есть и другая, более бытовая версия: прозвище Кецка могли дать человеку за какую-то особенность, связанную со словом «кец» — в некоторых русских говорах так называли грубую ткань, мешковину или старую, поношенную одежду. В таком случае предок носителя фамилии мог быть портным, торговцем холстом или просто неряшливо одетым человеком, за которым закрепилось прозвище «Кецка» (то есть «мешочник», «оборванец»). Эта версия выглядит правдоподобнее, так как прозвища по одежде или роду занятий в крестьянской среде были обычным делом.

Географически фамилия встречается крайне редко. Основные следы ведут в Поволжье и в некоторые районы Сибири, куда переселенцы принесли прозвище с собой. В дореволюционных источниках Кецкины — это, как правило, государственные крестьяне или мещане, без связи с дворянскими родами. Фамилия не попала в массовые списки, поэтому её носители — потомки, скорее всего, одной или нескольких семей, разошедшихся по стране.