Фамилия Кейдунов — одна из тех, где прозрачность корня обманчива. На первый взгляд в ней слышится что-то тюркское или греческое, но при ближайшем рассмотрении всё оказывается проще и интереснее.

Основа фамилии — прозвище Кейдун. Скорее всего, оно образовано от диалектного глагола «кейдать» или «кейдовать», который в ряде южнорусских говоров означал «шуметь, буянить, скандалить». Человек с таким прозвищем мог быть крикливым, неуживчивым, заводным. Суффикс -ун характерен для русских прозвищ по действию: хвастун, ворчун, говорун. Кейдун — тот, кто кейдает, то есть ведёт себя шумно и беспокойно.

Менее вероятна, но возможна связь с литовским или балтским корнем keisti — «менять, обменивать». В таком случае Кейдун мог быть прозвищем менялы или торговца, но эта версия слабее, поскольку фамилия не встречается в районах традиционного балтского влияния. Географически Кейдуновы тяготеют к Курской, Воронежской и Ростовской областям — зоне активных южнорусских говоров, что подтверждает первую гипотезу.

Фамилия оформлена стандартным русским патронимическим суффиксом -ов, то есть «сын Кейдуна». Поскольку прозвище нецерковное, фамилия могла закрепиться в крестьянской или казачьей среде не раньше XVII–XVIII веков, когда такие прозвища начали передаваться по наследству.

В написании фамилии возможен вариант Кейдунов с буквой «ё» (Кейдунёв), если ударение падает на последний слог и в говоре произносится «Кейдунёв». Однако в документах и переписях XIX века чаще фиксируется форма через «о». Сходные по модели фамилии — Крикунов, Болтунов, Шептунов — подтверждают, что Кейдунов стоит в ряду прозвищ, данных за манеру поведения или голос.

Таким образом, предок современных Кейдуновых — скорее всего, человек с громким и беспокойным нравом, которого в деревне прозвали Кейдуном. Никакой экзотики, только живая народная речь.