Фамилия Кайдунов — одна из тех, что заставляют задуматься: что за «кайдун» скрывается в основе? На первый взгляд, слышится что-то южное или тюркское, но при ближайшем рассмотрении всё оказывается прозаичнее и интереснее.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а корень Кайдун — это прозвище или мирское имя. Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «кайдать» или «кайдаться», который в ряде русских говоров (особенно южных и центральных) означал «шататься», «болтаться», «слоняться без дела». Соответственно, Кайдуном могли прозвать непоседливого, беспокойного человека, который не сидит на месте. Прозвище давалось не в осуждение, а как меткая характеристика — такой человек постоянно в движении, его «кайдает» из стороны в сторону.

Менее распространённая, но не лишённая оснований версия — связь с тюркским словом «кайды» или «кайду», что в некоторых языках означает «беглец», «скиталец». Для южнорусских и казачьих регионов, где фамилия встречается часто (например, на Дону и Кубани), такое заимствование вполне естественно: через контакты с тюркскими народами прозвище могло войти в русский обиход. Однако в этом случае значение остаётся близким — «бродяга» или «скиталец».

Встречается и гипотеза о происхождении от названия рыбы «кайдун» (один из местных вариантов для мелкой речной рыбы), но она слабо подкреплена: в исторических документах и словарях такое значение не зафиксировано, а прозвища по рыбам обычно давались рыбакам, но тогда фамилия звучала бы как Кайдунников или Кайдункин.

Таким образом, Кайдунов — фамилия из разряда «характерологических»: её основа — прозвище, описывающее поведение человека. Предок, носивший это прозвище, был, скорее всего, подвижным, непоседливым человеком, возможно, странником или торговцем, много времени проводившим в разъездах. Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, что подтверждает и диалектный, и тюркский следы.