Фамилия Кайдун — редкая и звучная, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий, она не образована от крестильного имени или названия профессии с помощью типичных суффиксов -ов/-ев или -ин. Её основа — Кайдун — сама по себе является прозвищем или древним личным именем, а нулевой суффикс указывает на то, что фамилия застыла в своей первоначальной, «прозвищной» форме.

Ключ к разгадке — в слове «кайдун». В южнорусских и украинских говорах так называли бродягу, бездомного человека, того, кто «кается» (скитается) или «кайданит» (находится в кандалах, в неволе). Есть и более прозаичная версия: в некоторых диалектах «кайда» означала «беда» или «морока», а «кайдун» — «горемыка». Таким образом, прозвище Кайдун мог получить скиталец, беглый каторжник или просто человек с тяжёлой судьбой.

Однако не стоит торопиться с однозначным выводом. В польском и белорусском языках «kajdan» — это «кандалы», а «kajdaniarz» — кандальник. Вполне вероятно, что фамилия имеет западное, польско-литовское происхождение и попала в русскую среду через Речь Посполитую. В таком случае Кайдун — это человек, связанный с тюрьмой или охраной, либо тот, кто носил кандалы.

География фамилии подтверждает её юго-западные корни. Кайдуны встречаются на Украине, в Беларуси и в южных областях России (Курская, Воронежская области). В центральной России эта фамилия — большая редкость. Сословно предки-носители, скорее всего, были крестьянами или казаками, а само прозвище закрепилось за одним из родоначальников в XVI–XVII веках.

В итоге, фамилия Кайдун — это не про род занятий, а про характеристику человека, данную ему обществом. Она либо указывает на горькую судьбу (скиталец, каторжник), либо, что менее вероятно, на силу и выносливость (тот, кто выдержал кандалы). В любом случае, это не дворянская фамилия, а народное прозвище, которое стало родовым именем.