Фамилия Кайдинов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не оставило следов в письменных источниках, но при этом достаточно прозрачно по своей модели. Это отчество второго порядка: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а корень «Кайдин» — это, скорее всего, форма от более древнего прозвища или имени.

Самая вероятная версия — связь с тюркским словом «кайды» или «кайда», что в ряде языков (татарском, башкирском, казахском) означает «где», «куда». В таком случае прозвище Кайда мог получить человек, которого часто спрашивали «Куда идёшь?» или который постоянно отсутствовал, был непоседой. Подобные «вопросительные» прозвища встречаются в русской и тюркской среде: например, фамилия Кайдалов (от «кайда» — «куда»). Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к арабскому имени Кайид (предводитель, вождь) через тюркское посредничество — но тогда форма ожидалась бы как Кайидов, а не Кайдинов.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия прошла цепочку: прозвище Кайда → сын Кайды (Кайдин) → внук Кайдина (Кайдинов). Суффикс -ин здесь не уменьшительный, а притяжательный, указывающий на конкретного человека по имени или прозвищу Кайда. То есть носитель фамилии — потомок того самого Кайды.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население: Поволжье, Урал, южные области России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одной семьи или небольшой группы переселенцев.

Среди однокоренных фамилий — Кайдин, Кайдалов, Кайдышев. Все они построены по схожей модели, но Кайдинов выделяется двойным суффиксом, что делает её более поздней по времени образования (скорее всего, не раньше XVII века, когда отчества на -ин стали превращаться в полноценные фамилии путём добавления -ов). Таким образом, предки носителей фамилии были людьми незнатными — крестьянами или посадскими, получившими фамилию по прозвищу деда или отца.