Фамилия Кейер — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная история. Она не вписывается в типичные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский, а значит, её корни почти наверняка лежат за пределами восточнославянской традиции. Чаще всего её относят к немецким или голландским фамилиям, пришедшим в Россию вместе с переселенцами, приглашёнными на службу или в колонии в XVIII–XIX веках.

Основа фамилии — немецкое слово «Keier» или «Kayer». В одном из значений это вариант диалектного «Kehrer» — «дворник, подметальщик», то есть человек, отвечающий за чистоту на улицах или в доме. Такая профессиональная фамилия могла закрепиться за предком, который работал по найму в городском хозяйстве. Однако есть и другая версия, более аристократичная: в некоторых немецких землях «Keier» — это искажённое «Küher», что означало пастуха или арендатора скота. Оба значения указывают на человека, занятого физическим трудом, но в разных сферах.

В России фамилия встречается в двух основных вариантах написания: Кейер и Кайер. Географически её носители сосредоточены в регионах, где исторически селили немецких колонистов: Поволжье, юг Украины, а также Санкт-Петербург и Москва, куда переезжали специалисты из Прибалтики. Встречаются и единичные случаи среди потомков обрусевших немцев, которые сохранили фамилию в неизменном виде, не адаптируя её под русские суффиксы.

С точки зрения словообразования, фамилия Кейер относится к типу непроизводных фамилий, то есть не имеет русского суффикса принадлежности. Это характерно для поздних заимствований, когда фамилию переносили целиком, без переосмысления. Её можно сравнить с такими же «чистыми» немецкими фамилиями в России, как Шмидт, Фишер или Миллер, — все они указывают на профессию, но в отличие от них Кейер менее распространена, что делает её более редкой и локальной.

Если копать глубже, есть версия, что фамилия могла возникнуть и из еврейской среды: в идише «Кейер» (קייער) — это «покупатель» или «торговец». Но эта гипотеза слабее, так как в документах Российской империи такая форма почти не фиксируется среди еврейского населения, где чаще встречались фамилии на -ман, -берг или -штейн. Поэтому профессиональная немецкая версия остаётся основной и наиболее подтверждённой архивными данными о переселенцах.