Фамилия Кайер — редкая в России, но её носители встречаются, и почти всегда это потомки российских немцев. Основной корень здесь — немецкая фамилия Kaiser, что значит «император». В русском языке немецкое «ай» (ei) часто переходило в «ай» или «ей», а конечное -er оставалось без изменений. Поэтому Кайер — это не что иное, как фонетически русифицированный вариант фамилии Кайзер, которая, в свою очередь, происходит от титула римского или германского императора (от лат. Caesar — Цезарь).

Если копать глубже, то в немецкой традиции фамилия Kaiser могла быть не только прозвищем человека с важной осанкой или того, кто играл роль императора в средневековых представлениях, но и указывать на службу в императорском войске или при дворе. Однако для России XVIII–XIX веков, когда немцы массово переселялись в Поволжье, Причерноморье и на Волынь, фамилии часто записывали на слух, без строгой орфографии. Так Kaiser превращался в Кайер, Кайер, а иногда и в Кейер. Судя по географии, Кайеры — это преимущественно потомки колонистов из Саратовской, Самарской губерний или с юга Украины.

Есть и вторая, гораздо более редкая версия — тюркская. В некоторых тюркских языках слово «кайыр» или «каер» означает «скала», «утёс» или «твёрдый камень». Но в русской среде эта фамилия почти не фиксируется, и если предок был татарином или башкиром, фамилия скорее писалась бы как Каиров или Кайров. Поэтому для подавляющего большинства современных Кайеров версия с немецким Kaiser остаётся основной и наиболее логичной.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: в ней нет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Она застыла в форме, близкой к исходному немецкому слову. Это типичный случай «варваризма» в русском ономастиконе — фамилия, которая не адаптировалась под местные модели склонения, а осталась чужеродным вкраплением. По этой причине она не склоняется в мужском роде как прилагательное, а ведёт себя как существительное мужского рода: «Иван Кайер», «у Петра Кайера».