Фамилия Хабахумов — редкий случай, когда написание почти полностью сохранило звучание исходного имени, обойдясь без типичной для русского языка перестройки. Это фамилия от имени Хабахум — просторечной, народной формы канонического имени Аввакум. Церковная форма Аввакум через фонетические процессы (упрощение начального гласного, переход «в» в «х») дала бытовые варианты: Обакум, Абакум, и, наконец, Хабахум. Фамилия образована по стандартной модели: основа «Хабахум» + патронимический суффикс «-ов», означающий «сын Хабахума», то есть потомок человека по имени Хабахум.

Само имя Аввакум — древнееврейского происхождения, означает «обнимающий» или «объятие». В библейской традиции это имя одного из малых пророков. На русской почве имя стало популярным после церковного раскола XVII века, когда его прославил протопоп Аввакум — лидер старообрядчества. Однако фамилия Хабахумов вряд ли связана напрямую со старообрядческой средой: форма «Хабахум» встречалась и в северных, и в южных говорах как чисто диалектное произношение.

Интересна география фамилии. Судя по доступным данным, фамилия Хабахумов встречается крайне редко, преимущественно в Поволжье и на Урале. Это может указывать на позднюю фиксацию фамилии или на то, что носители не мигрировали широко. В отличие от массовых Абакумовых, Хабахумовы сохранили более архаичный, «живой» вариант произношения, который в XIX веке при записи в метрические книги не был заменён на книжное «Аввакумов» или привычное «Абакумов».

Среди однокоренных фамилий — Абакумов, Аввакумов, Обакумов. Хабахумов стоит особняком из-за удвоенного «х»: первое возникло из начального гласного (а- > ха-), второе — из «в» в корне. Такая модель (ха- + корень с «х») встречается и в других фамилиях от народных форм: Хахалёв (от Агафал), Харитонов (от Харитон, но там другая история). В случае с Хабахумовым мы видим редкий пример полной записи разговорного варианта, который в большинстве регионов «исправляли» при оформлении документов.