Фамилия Хабахумова — один из тех редких случаев, когда написание сильно расходится с произношением и логикой словообразования. Скорее всего, перед нами искажённая форма от фамилии Абакумов (или Обаккумов), которая, в свою очередь, восходит к церковному имени Аввакум. В русской народной речи начальное «а» нередко выпадало, а затем на стыке с предлогом или частицей возникал лишний согласный: так «Абакум» мог превратиться в «Хабакум» (сравните: «у Абакума» → «у Хабакума»). Финальное «хум» вместо «кум» — скорее всего, результат поздней ошибки переписчика или канцелярской описки: букву «к» приняли за «х», а «у» переставили. Таким образом, исходная форма — Хабакумов, а Хабахумов — её вторичный, графически искажённый вариант.

Гораздо менее вероятная, но всё же возможная версия — связь с тюркским именем Хабибулла (араб. «возлюбленный Аллаха»). В этом случае фамилия могла бы выглядеть как Хабибуллов, но через ряд фонетических изменений (выпадение слога, замена звуков) превратиться в Хабахумов. Однако для такого превращения нет убедительных примеров в русской ономастике, в то время как путь от Аввакума через Абакума к Хабакуму хорошо задокументирован в диалектах.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Хабахумов — буквально «сын Хабахума» (то есть человека, которого в быту звали Хабахумом). Фамилия редкая, географически не привязана к одному региону — её носители встречаются разрозненно, что подтверждает случайный, «канцелярский» характер её возникновения. Крестьянского или купеческого сословия предки — определить невозможно, но сама основа (имя Аввакум) в допетровской Руси была распространена среди всех слоёв, от крестьян до священников (вспомните протопопа Аввакума). Фамилия Хабахумова — живой пример того, как устная речь и почерк писаря могут создать неожиданную форму, далёкую от оригинала.