Фамилия Хабакова — нечастая, и её происхождение неочевидно. Самый вероятный путь — от прозвища или нецерковного имени Хабак. В русских говорах «хабак» или «хабалка» — грубый, нахальный человек, наглец. Слово это народное, экспрессивное, с явной отрицательной окраской. Так могли прозвать задиру или скандалиста, и прозвище закрепилось за потомками.

Менее распространённая версия связывает основу с тюркскими языками, где «хабак» означает «тыква» или «горлянка». В этом случае прозвище мог получить человек с крупной головой или круглым лицом — по аналогии с формой плода. Такие прозвища по сходству с предметами встречаются во многих культурах, но для русской фамилии эта версия менее типична, хотя полностью исключать её нельзя, особенно в южных регионах, где было сильнее тюркское влияние.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Хабак добавили суффикс -ов, означающий принадлежность. То есть Хабаков — сын Хабака. Суффикс -ов самый распространённый в русских фамилиях, поэтому в данном случае он не несёт дополнительной информации о социальном статусе предка — такую фамилию мог получить и крестьянин, и мещанин, и служилый человек.

Интересно, что фамилия не имеет вариантов с суффиксом -ин, который обычно дают от основ на -а/-я. Если бы исходное имя звучало как Хабака, мы бы видели Хабакин. А форма Хабаков указывает на твёрдую основу мужского рода — Хабак. Встречается и написание Хобаков, но оно редкое и, скорее всего, отражает местное акающее произношение.

Встречается фамилия по всей России, но чаще в центральных и южных областях. Известных носителей, вошедших в энциклопедии, нет, что подтверждает её народное, неаристократическое происхождение.