Фамилия Хабибулхаков — одна из тех, что прямо указывает на мусульманское вероисповедание предков и арабское происхождение основы. Она образована от сложного составного имени Хабибулхак, которое восходит к арабским словам «хабиб» (любимый, друг) и «аль-хакк» (Истина, одно из имён Аллаха в исламе). Таким образом, имя Хабибулхак означает «любимый Истиной» или «друг Всевышнего». Это теофорное имя, то есть содержащее указание на Бога, и распространено в среде народов, традиционно исповедующих ислам.

Словообразовательная модель типична для тюркских и кавказских фамилий, которые адаптировали арабские имена. Суффикс «-ов» — русский патронимический формант, который добавляли к именам при оформлении фамилий в Российской империи, особенно в XIX — начале XX века, когда проходила массовая паспортизация. Без этого суффикса основа выглядела бы как «Хабибулхак», а с ним фамилия стала означать «принадлежащий к роду Хабибулхака» или «сын Хабибулхака».

Географически фамилия Хабибулхаков чаще всего встречается у татар, башкир, а также у народов Северного Кавказа (например, у чеченцев или ингушей), где распространены имена с корнем «хабиб» и «хак». Встречаются варианты написания: Хабибулхаков, Хабибулхаков. Важно не путать её с более частой фамилией Хабибуллин, которая образована от имени Хабибулла («любимец Аллаха»). Хабибулхак — имя более редкое, и фамилия от него соответственно менее распространена, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если предка звали Хабибулхак, то это, скорее всего, указывает на глубокие религиозные традиции в семье, возможно, на принадлежность к духовенству или уважаемому роду.

С точки зрения социального контекста, носители такой фамилии в дореволюционной России могли быть муллами, учителями при медресе или просто набожными крестьянами, выбравшими для сына имя с возвышенным смыслом. Никаких сведений о дворянском происхождении этой фамилии нет — она типично крестьянская или мещанская, возникшая в среде мусульманского населения империи.