Фамилия Хабибулина имеет сложную структуру и восходит к двум компонентам: «хабиб» и «ула». Первый часто употребляется в качестве имени собственного и в переводе с арабского означает «любимый, дорогой». Второй компонент восходит к Allah (в переводе с арабского «бог») с генитивным значением «от бога». Поэтому фамилия Хабибулина в буквальном смысле означает «любимый богом». Вероятно, родители, нарекая ребёнка именем Хабибула, желали своему сыну стать достойным мусульманином. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Хабибулиных можно лишь на основании генеалогических исследований.