Фамилия Хабибуллин имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Хабибуллин уходит в XV-XVII вв. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Хабибуллин способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Фамилия Хабибуллин образована от мужского имени Хабибулла, которое имеет сложную структуру и восходит к двум компонентам: «хабиб» и «ула». Первый часто употребляется в качестве имени собственного и в переводе с арабского означает «любимый, дорогой». Второй компонент восходит к Allah (в переводе с арабского «бог») с генитивным значением «от бога». Поэтому фамилия Хабибулла в буквальном смысле означает «любимый богом». Вероятно, родители, нарекая ребёнка именем Хабибулла, желали своему сыну стать достойным мусульманином. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Хабибуллин являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Тем не менее, фамилия Хабибуллин представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.