Фамилия Хабибутдинов — одна из тех, что прямо указывает на веру предков и их культурные корни. В её основе лежит арабское мужское имя Хабибутдин, что означает «любимец веры» или «друг религии» (от «хабиб» — любимый, друг, и «дин» — вера, религия). Это сложносоставное теофорное имя, популярное в мусульманской среде, особенно у татар и башкир, где имена с компонентом «дин» (религия) встречаются очень часто: Гайнутдинов, Сафиуллин, Валиуллин.

Русский суффикс -ов, привычный для фамилий, присоединился к татарской основе, образовав типичную модель фамилии для народов Поволжья и Урала. В отличие от многих русских фамилий, которые заканчиваются на -ов (-ев) и происходят от прозвищ или профессий, Хабибутдинов — это патроним, то есть фамилия, образованная от имени отца. Предок носителя фамилии, скорее всего, был муллой, учителем или просто глубоко верующим человеком, которого в деревне называли Хабибутдин — «любимец веры».

Интересная деталь: в отличие от фамилий вроде Абдуллов или Ахметов, где основа — простое арабское имя, здесь мы видим сложную конструкцию из двух корней. Это говорит о высоком статусе имени: так могли назвать ребёнка в семье, где ценили религиозное образование, или в честь уважаемого духовного лица. Географически фамилия Хабибутдинов наиболее распространена в Татарстане, Башкортостане, а также среди татарской диаспоры в других регионах России. Встречаются и варианты написания — Хабибутдинов и Хабибутдинов, но это скорее особенности транслитерации, не меняющие смысла.