Фамилия Хабутдинов произошла от имени Хабутдин, которое, в свою очередь восходит к имени Хабибетдин (Хабетдин), что в переводе с арабского означает «друг религии». К таким именам, очевидно, относится и имя Хабибетдин. Таким образом, потомок человека, которого звали Хабутдин, со временем получил фамилию Хабутдинов.