Фамилия Хабутдинова образована от мужского имени Хабутдин — так в старину называли человека, который стал родоначальником семьи. Имя Хабутдин — это народная, усечённая форма более полного арабского имени Хабибетдин (в русской передаче также встречается как Хабетдин). В переводе с арабского оно означает «друг религии»: первая часть «хабиб» переводится как «любимый, друг», вторая — «дин» — как «вера, религия». Имя было распространено в среде татар и других тюркских народов, исповедующих ислам, и несло в себе пожелание, чтобы человек был предан своей вере.

Потомки человека по имени Хабутдин со временем получили фамилию Хабутдинова. Модель образования здесь классическая для русских и тюркских фамилий: к основе имени добавили патронимический суффикс -ов, а окончание -а указывает на женскую форму фамилии. Мужской вариант — Хабутдинов. Такая схема закрепилась в русскоязычной среде, когда фамилии от отчеств стали передаваться по наследству. Суффикс -ов здесь не тюркский, а русский, что говорит о длительном бытовании имени в двуязычной среде, где арабское имя адаптировали под местные словообразовательные нормы.

Стоит различать Хабутдиновых и фамилии с похожей основой, например Хабибуллин или Хабибов. Последние восходят к тому же корню «хабиб», но образованы от других форм имени. Хабутдинова же — это отдельная ветвь, закрепившаяся именно за формой Хабутдин. Встречается также написание Хабибутдинова — более полный вариант, который сохраняет исходное звучание арабского имени. Оба варианта указывают на одного родоначальника, но в документах закрепился тот, который был привычнее для носителей.

Фамилия не относится к числу древних дворянских родов — она крестьянская или мещанская по происхождению, как и большинство русских и татарских фамилий, оформившихся в XVIII–XIX веках. В те времена фамилию часто записывали по отцу: если отца звали Хабутдин, его дети автоматически становились Хабутдиновыми. Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в регионах с компактным проживанием татарского населения — в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири.

Имя Хабибетдин относится к группе теофорных имён, то есть таких, которые включают в себя упоминание религии. Подобные имена давали с надеждой, что ребёнок вырастет достойным мусульманином. Со временем имя, как это часто бывает, сократилось в бытовом общении: Хабибетдин превратился в Хабутдина, а затем и в фамилию. Так что фамилия Хабутдинова — это не просто набор звуков, а сжатая история о том, как арабское имя прижилось на новой почве, изменилось под влиянием живой речи и закрепилось в документах.