Фамилия Хабибжанова образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью патронимического суффикса -ов, указывающего на принадлежность («чей?»). В основе лежит мужское имя Хабибжан, которое представляет собой типичный для Средней Азии и Поволжья двухосновный антропоним арабско-персидского происхождения. Первая часть — Хабиб (от арабского «любимый», «друг», одно из имён Аллаха и прозвище пророка Мухаммеда). Вторая — жан (персидское «душа», «жизнь», в тюркских языках часто служит ласкательным компонентом). Таким образом, имя Хабибжан можно перевести как «любимая душа» или «дорогой друг».

Фамилия Хабибжанова — женская форма, мужской вариант — Хабибжанов. Встречается преимущественно у татар, башкир, а также у народов Средней Азии, в первую очередь у узбеков. В русской среде фамилия появилась как результат межэтнических контактов: её могли получить при крещении или, что чаще, при оформлении документов в советское время, когда русские окончания фамилий стали обязательными для всех народов СССР.

Примечательно, что в отличие от многих арабских или тюркских фамилий, где суффикс -ов/-ев присоединяется к имени отца (Хабибов, Хабибуллин), здесь за основу взято полное двухчастное имя. Это говорит о том, что предок носительницы фамилии был известен в своей среде именно под этим составным именем — вероятно, уважаемый человек, которого называли полным, а не сокращённым именем. Встречаются и однокоренные фамилии Хабибов, Хабибуллин, Хабибназаров, но Хабибжанова стоит особняком: она подчёркивает не просто «сын Хабиба», а «тот, кто принадлежит Хабибжану», что указывает на личную связь с конкретным человеком, а не с родовым именем.