Фамилия Хабусов происходит от прозвища Хабус, которое восходит к древнетюркскому слову со значением «земли и другое имущество мусульманских религиозных учреждений». В мусульманском праве этим термином обозначают имущество, частично изъятое из гражданского оборота и предназначенное для благотворительных, религиозных и определённых общественных целей. Скорее всего, носитель прозвища работал в такой организации или имел к ней прямое отношение, за что и получил своё имя.

Эта фамилия встраивается в ряд русских фамилий тюркского происхождения, которые ведут начало от прозвищ: Тургенев — от Турген («быстрый, скорый»), Аксаков — от Аксак («хромой»), Булгаков — от Булгак («беспокойный»). Хабусов стоит в этом же ряду, хотя его основа менее известна и встречается реже.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища: Хабусов — «сын Хабуса». Потомок человека, которого звали Хабус, со временем получил фамилию Хабусов. Такая словообразовательная схема была самой распространённой в русской ономастике, поэтому фамилия органично прижилась в русской среде, сохранив тюркский корень.

Само слово Хабус — термин, а не личное имя, и это делает фамилию необычной. Прозвища, образованные от должностей или социальных ролей, встречались часто, но редко доходили до наших дней в такой точной привязке к религиозной сфере. Если предок действительно служил при вакуфном имуществе, его прозвище могло закрепиться за семьёй как указание на занятие, подобно тому как фамилии типа Пономарёв или Дьяконов возникали от церковных должностей.

Сведений о конкретных носителях фамилии Хабусов в открытых источниках мало, что неудивительно: фамилия редкая. Но её происхождение прослеживается достаточно ясно через тюркскую лексику и русскую модель фамильного суффикса.