Фамилия Хачкинаян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной по антропонимической модели с суффиксом -ян. Этот суффикс (в древнеармянском -янц) указывает на принадлежность к роду: Хачкинаян буквально означает «из рода Хачкиная» или «потомок Хачкиная». Основа фамилии — личное имя или прозвище Хачкинай.

Слово «Хачкинай» составное: первая часть — «хач» (խաչ), что по-армянски значит «крест». Вторая часть — «кинай» — менее прозрачна. Здесь возможны два основных толкования. Первое: «кинай» может быть искажением или диалектным вариантом армянского слова «кин» (женщина) или «кнай» (жена). Тогда Хачкинай — это «жена креста» или «крестовая жена», что звучит необычно, но могло быть прозвищем, данным женщине, связанной с церковью или давшей обет. Второе, более вероятное объяснение: «кинай» — это вариант тюркского слова «кына» (татуировка, рисунок хной) или «кынай» (красящий). В таком случае Хачкинай — это «крестоносец» или «тот, кто носит крест», возможно, человек, делавший татуировки в виде креста, или прозвище монаха-отшельника.

География фамилии Хачкинаян указывает на её происхождение из исторической Западной Армении (территории современной Турции), особенно из района Вана или Мокса. Носители фамилии — потомки армян, переживших геноцид 1915 года и рассеявшихся по диаспоре: в России, Франции, США, Армении. В советский период фамилия фиксировалась в Краснодарском крае и Ростовской области, куда армяне переселялись в XIX–XX веках.

С точки зрения словообразования, Хачкинаян стоит в ряду армянских фамилий, образованных от сложных основ с компонентом «хач»: Хачатрян (от Хачатур — «крестом данный»), Хачикян, Хачманукян. Но если Хачатрян — одна из самых распространённых армянских фамилий, то Хачкинаян редка: в базах данных современной России и Армении встречается не более нескольких десятков носителей. Эта редкость делает фамилию ценной для генеалогического поиска — она указывает на конкретную локальную ветвь рода, не размытую массовым распространением.