Фамилия Хадунькин — редкий пример образования от прозвища с суффиксом -унк-/-уньк-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Основа здесь — «хадун» или «хадунька», то есть человек, который «хадит» — ходит. Но не в обычном смысле, а, скорее всего, с оттенком: бродяга, шатун, тот, кто много ходит без дела или, наоборот, в качестве ремесла — пеший ходок, странник, посыльный. Глагол «хадить» (южнорусское и диалектное произношение «ходить») дал прозвище Хадун, а уменьшительно-ласкательная форма Хадунька (с типичным для русских говоров -к-) стала основой для фамилии Хадунькин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Хадунькин — сын Хадуньки. По модели это типичная русская фамилия, но с нестандартным суффиксом в основе. В отличие от частых -ов/-ев, -ин здесь присоединяется к основе на мягкий согласный (ньк), что тоже редкость.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям — Курской, Воронежской, Ростовской, где диалектное «хадить» было в ходу. Встречается и в украинских говорах, где «хадати» означает «ходить», но фамилия с суффиксом -кин — явно русская по оформлению.

Возможна и вторая, менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «хадун» — «госпожа», «жена», но в русской среде такое прозвище маловероятно для мужчины, а фамилия Хадунькин образована именно от мужского прозвища. Поэтому версия с «ходящим» человеком — основная.

В документах фамилия почти не засветилась: нет известных дворянских родов или массовых переселенческих записей. Это говорит о крестьянском или мещанском происхождении — скорее всего, предок получил прозвище за манеру ходьбы или образ жизни и передал его детям в форме отчества.