Фамилия Хадунов образована от прозвища или имени Хадун. В её основе лежит тюркское слово «хадун» — так в некоторых тюркских языках называли госпожу, жену хана или знатную женщину. Это слово родственно монгольскому «хатун» (царица, супруга правителя). Но фамилия Хадунов — мужская, и её появление на первый взгляд кажется странным: почему предка прозвали «госпожой»? Скорее всего, прозвище Хадун дали человеку, который служил при знатной женщине, находился в её свите, или же так иронично окрестили изнеженного, холёного мужчину. В русской среде тюркские заимствования нередко переосмыслялись, и прозвище могло закрепиться за тем, кто работал на «хатун» — например, за управляющим или конюшим.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: Хадун + ов = «сын Хадуна» или «принадлежащий Хадуну». Географически фамилия тяготеет к южным регионам России и Северному Кавказу, где сильны тюркские и кавказские влияния. Встречается она и среди кубанских казаков, и в дагестанских селениях, но носители могут быть и русскими по происхождению — фамилия давно обрусела.

Редкая особенность Хадунова — отсутствие широко известных однокоренных вариантов. В отличие от фамилий типа Хатунцев или Хатунов, где основа «хатун» встречается чаще, Хадунов сохранил более архаичную огласовку. Если ваш предок носил эту фамилию в XIX веке, он мог быть государственным крестьянином или казаком — среди дворянских родов она не зафиксирована. Точных сведений о первых носителях нет, но прозвище явно не связано ни с ремеслом, ни с географическим названием — это чисто антропонимический след тюркского мира в русской ономастике.