Фамилия Хаидуков — одна из тех, где почти наверняка произошла замена звука, и исходное слово звучало иначе. Основа здесь — не «хаид», а «хайдук». Разница в одну букву, а происхождение и смысл меняются кардинально. Если бы фамилия писалась через «й», сомнений бы не было: перед нами потомок хайдука — так на Балканах и в южнорусских степях называли вольных повстанцев, партизан, а иногда и просто разбойников. Но в русском языке есть устойчивая особенность: в заимствованных словах звук [j] между гласными мог выпадать или переходить в «и». Сравните: «Гаити» (вместо «Гайти»), «майор» и «маиор» (старое написание). Так и «Хайдуков» в бытовой речи и при записи в метрические книги мог превратиться в «Хаидуков».

Суффикс «-ов» указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей сын?» — Хаидуков, то есть сын Хаидука. Фамилия эта — не дворянская и не княжеская. Она из числа тех, что давали по прозвищу отца, а прозвище, в свою очередь, отражало либо занятие, либо характер. Хайдуками в XVII–XIX веках называли не только балканских гайдуков (борцов с турками), но и вольных людей на Дону и Кубани, беглых казаков, промышлявших набегами. В центральной России слово могло закрепиться за человеком буйного нрава или, наоборот, за тем, кто служил в охране — в некоторых регионах «хайдук» означало «стражник», «телохранитель».

География фамилии Хаидуков размыта, но чаще всего она встречается в южных областях России — Ростовской, Волгоградской, Краснодарском крае, а также на Украине. Это подтверждает связь с казачьей или степной вольницей. Встречаются варианты написания: Хайдуков, Гаидуков, Гайдуков — все они одного корня. Разница в первой букве («Х» или «Г») — результат диалектного произношения: на юге «г» фрикативное, и на слух оно могло записываться то как «г», то как «х».

Прозвище «Хайдук» (или «Гайдук») было достаточно распространённым в среде запорожских и донских казаков. Оно несло оттенок удали, независимости и даже некоторой опасности. Поэтому предок-носитель такого прозвища мог быть не крестьянином, а человеком военным или полувоенным — казаком, стражником, участником набегов. Сословно Хаидуковы могли быть как из казачества, так и из однодворцев (особого слоя южных крестьян, нёсших сторожевую службу).

В написании «Хаидуков» есть одна деталь: оно фиксирует фонетический процесс, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно буква «й» в таких основах сохраняется (ср. Хайруллин, Хайрутдинов). А здесь — редкий случай оглушения или упрощения сочетания «ай» в «аи». Это делает фамилию не просто указанием на род занятий, но и маленькой лингвистической загадкой: как слово, побывав в устной речи, изменило свой облик на письме.

Итог: Хаидуков — потомок хайдука, вольного или служилого человека южных рубежей России. Фамилия не частая, но с яркой историей, уходящей в казачью и балканскую вольницу.