Фамилия Хахомов почти наверняка — фонетический вариант более распространённой фамилии Хахамов. Такая замена, когда один гласный звук в безударном положении выпадает или редуцируется, а на письме это закрепляется, — обычное дело для русских фамилий, записанных со слов носителя. Поэтому искать корень нужно в основе «хахам».

Само слово «хахам» пришло из древнееврейского языка и означает «мудрец». У восточных евреев этим словом называли религиозного вождя, а также использовали как титул раввина. То есть предок, от которого пошла фамилия, скорее всего, был человеком учёным, уважаемым в своей общине, либо происходил из семьи такого человека. Прозвище Хахам могли дать не только раввину, но и начитанному, рассудительному мирянину, чьё мнение ценили.

Особый интерес представляет история этого титула в Османской империи. Там главного раввина константинопольской общины величали хахам-баши. Это была не просто почётная должность: он входил в государственный совет и обладал правом юрисдикции над всеми евреями империи, за исключением уголовных дел. Впервые должность хахам-баши ввели в конце XVII века в Египте, а в конце 1836-го или самом начале 1837 года вышел указ о распространении этого титула на всю империю. Мера стала частью политики преобразований, направленной на модернизацию турецкого общества и некоторое расширение прав немусульманского населения.

Мнение хахам-баши было решающим при разборе любых спорных вопросов внутри общины. Кроме того, он получил право читать Тору в своём доме и в других домах, что фактически означало ослабление действия старых законов и разрешало евреям строить синагоги. Так что титул, лёгший в основу фамилии, был связан не только с учёностью, но и с реальной властью и защитой интересов общины.

Для носителей фамилии Хахомов это означает, что их предки, вероятно, имели отношение к еврейским общинам Восточной Европы или Ближнего Востока, где подобные прозвища и титулы переходили в фамилии. Русская фамилия оформилась по стандартной модели с суффиксом -ов, отвечающим на вопрос «чей?», то есть Хахомов — сын или потомок Хахама. Вариант с выпавшей гласной мог закрепиться в документах Российской империи при переписи населения или при переселении, когда писари записывали услышанное на слух.