Фамилия Халайдова — женская форма мужской фамилии Халайдов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Халайда, которое, скорее всего, образовано от тюркского корня «халай» — так в ряде тюркских языков называли народ, толпу, люд. В переносном смысле Халайдой могли назвать общительного, компанейского человека, любителя многолюдных собраний, либо, напротив, того, кто постоянно оказывался в гуще событий, в «толпе».

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным русским глаголом «халайдать» — в некоторых говорах это означало «кричать, шуметь, галдеть». Тогда прозвище Халайда дали бы крикливому, шумному человеку, заводиле. Однако тюркская версия выглядит предпочтительнее: фамилия распространена в регионах с сильным тюркским влиянием (Поволжье, Приуралье, Северный Кавказ), и модель образования через суффикс -ов/-ев от прозвищ на -а типична для русских фамилий, возникших в зоне межэтнических контактов.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Халайда → Халайдов — «сын Халайды» или «из рода Халайды». Окончание -а в женской форме (Халайдова) — грамматическая норма русского языка. Встречается также вариант без наращения: Халайдов/Халайдова, реже — Халайдин/Халайдина (с суффиксом -ин, указывающим на прямое родство: «чей?» — Халайдин).

Среди известных носителей мужской формы — Михаил Трофимович Халайдов (конец XVIII — первая половина XIX века), историк-археограф, один из первооткрывателей и публикаторов древнерусских рукописей, в том числе хронографа и «Слова о полку Игореве» в составе знаменитого Мусин-Пушкинского сборника. Его деятельность подтверждает, что фамилия бытовала в среде образованного дворянства и купечества, хотя корни её, несомненно, народные, прозвищные.

Таким образом, фамилия Халайдова несёт в себе след межкультурного взаимодействия, а её носители — потомки человека, которого в своё время выделили за общительность, шумный нрав или заметное положение среди людей.