Фамилия Халикеев — один из тех случаев, когда географический и этнический след заметнее, чем точное значение корня. Она явно восходит к личному имени или прозвищу Халикей, а в основе лежит тюркский или арабо-тюркский пласт. Самое вероятное объяснение: имя Халикей — это вариант имени Халик, которое по-арабски означает «созидатель», «творец» (один из эпитетов Бога в исламе). Уменьшительно-ласкательный формант -ей (как в именах Батыр → Батырей, Ахмет → Ахметей) превращает строгое имя в более бытовое, домашнее прозвище.

Модель образования типична для тюркских фамилий, русифицированных суффиксом -ев. Суффикс указывает на принадлежность: Халикеев — сын Халикея. Поскольку фамилия не содержит русского суффикса -ин или -ский, а оканчивается на -ев, её происхождение — не из крестьянского прозвищного фонда центральной России, а из среды, где тюркские имена укоренились до официального закрепления фамилий в XIX веке.

География фамилии красноречива. Халикеевы встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на башкирские или татарские корни. В некоторых случаях фамилия могла возникнуть у казахов или ногайцев, но с учётом русского окончания — скорее у татар или башкир, прошедших через ревизские сказки и метрические книги на русском языке. Встречается и вариант написания через «а» — Халикаев, что может быть следствием регионального произношения или ошибки писаря.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским словом «халика» (خلقة) — «сотворённое», «природа», «нрав». В этом случае прозвище Халикей могло характеризовать человека по складу характера или внешности. Однако вторая версия слабее первой, так как личное имя Халик (и его уменьшительные формы) в тюркской ономастике встречается значительно чаще, чем прозвище от абстрактного существительного.

Сословно предки носителя фамилии скорее всего были крестьянами или казаками из южноуральских или приволжских губерний. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» не зафиксировано. Фамилия не редкая, но и не массовая — её носители сосредоточены в нескольких регионах, что делает её хорошим маркером семейной истории, привязанной к конкретной местности.